航空障碍灯是长期暴露在室外工作的灯具，且任何的外界气候变化都不应影响到障碍灯的正常工作。这就对航空障碍灯的防护有一定的要求，行业标准中规定了防护等级要达到Ip65，即防尘和防止任何方向的水泼洒。还有一个重要的防护，外界除了阳光雨露，还有紫外线、酸碱盐雾和雷暴闪电的恶劣天气。对于这些都需要有对应的防范。

任何物品在雷暴闪电中都极易受损，一次雷击即可对人体造成死亡。航空飞行器对闪电或雷击都有必要的防护措施，而且每次被雷击或闪电击中的航班都会认真检查。航空障碍灯作为航空指示作用的灯具，更不能因为雷击或闪电就导致不能正常工作，这就需要加装保护装置。雷击或闪电首先冲击的一定是灯具的灯罩部分，这就要求灯具能够抗雷击和不导电，其次就是内部的电器元件不受瞬时电压的波动导致灯具烧毁，此时障碍灯内部的防浪涌装置就是为了应对闪电和雷击而设置的，可以缓解电压波动带来的影响。最后就是航空障碍灯安装的地方应该处于建筑物的避雷地带，建筑物自带的避雷针应该要能保护到航空障碍灯，做到双层防护。

航空障碍灯在恶劣的天气更应该正常工作，即使外界环境非常差，依旧能为航空指示障碍物及轮廓，保障航空安全。这就需要航空障碍灯自身要有足够的防护，此外，安装的方法也会影响到，从而保证航空障碍灯正常工作和寿命的保障。